La razón es muy sencilla: comodidad.
Muchas veces tenemos varias cuentas electrónicas que manejar, como por ejemplo, varios correos, cuentas de facebook, u otras a las cuales accedemos a menudo. En muchos de los casos, no es una opción tener diferentes cuentas, es necesario.
Tener dos exploradores nos facilita esta tarea. Al acceder a una de tus cuentas de hotmail por ejemplo, siempre que necesites acceder con otro usuario, el servidor de hotmail te pedirá obligatoriamente que cierres la cuenta anterior para ingresar con el nuevo usuario. En el caso de disponer de un segundo navegador, sencillamente accedes desde éste a tu otra cuenta de correo sin necesidad de cerrar la anterior en el explorador inicial.
Esto funciona igual para las cuentas de facebook, hi5, yahoo, gmail, etc.